Theo đó, Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam là đơn vị sự nghiệp công lập, chịu sự chỉ đạo và quản lý toàn diện của Sở Lao động - Thương binh và Xã hội; có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản theo quy định của pháp luật.Trụ sở của Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam đóng tại thành phố Hội An, tỉnh Quảng Nam.
Về tổ chức bộ máy:Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam có Giám đốc, không quá 02 (hai) Phó Giám đốc và phòng chuyên môn nghiệp vụ theo quy định. Việc bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức, khen thưởng, kỷ luật, cho từ chức, nghỉ hưu và thực hiện các chế độ chính sách khác đối với Giám đốc, Phó Giám đốc Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam thực hiện theo quy định của pháp luật và phân cấp quản lý cán bộ của Uỷ ban nhân dân tỉnh. Việc thành lập, quy định chức năng, nhiệm vụ các phòng chuyên môn nghiệp vụ thuộc Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam do Giám đốc Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam quyết định trên cơ sở Quy chế tổ chức và hoạt động của Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam do Giám đốc Sở Lao động - Thương binh và Xã hội ban hành.
UBND tỉnh giao Giám đốc Sở Lao động-Thương binh và Xã hội có trách nhiệm ban hành Quy chế tổ chức và hoạt động của Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam theo đúng quy định hiện hành; trong đó quy định rõ chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn, cơ cấu tổ chức bộ máy, mối quan hệ công tác và các nội dung khác liên quan đến hoạt động của Trung tâm Bảo trợ xã hội Quảng Nam để đơn vị đảm bảo thực hiện hiệu quả nhiệm vụ được giao, đúng quy định của pháp luật.